В 1802 году в семье Павла и Пелагеи Мирошниченко родился сын, его назвали Иоанном. Родители Иоанна происходили из мещан посада Крюкова Полтавской губернии Кременчугского уезда. Семья Мирошниченко жила в бедности, и родители Иоанна не могли дать ему хорошего образования. Единственным, чему он научился, было чтение. Как большинство других детей его сословия, учился читать он по Часослову и Псалтири. От природы он был одарен Господом высокими и богатыми умственными дарованиями и твердою памятью. С детства он любил чтение книг, особенно религиозно-нравственных, и читал очень много.
Будучи с малых лет весьма набожным, Иоанн Мирошниченко очень часто посещал монастыри и первоначально поселился в качестве послушника у старца Серафима, известного всей России подвижника ХIХ века, жившего в Саровской пустыни Тамбовской епархии. Послушник Иоанн прожил на послушании у Старца восемь лет. За это время он научился творению умной молитвы. Тогда и было положено основание его духовной жизни. Не случайным был тот факт, что святой Серафим послал его к ученикам Паисия Величковского. Преподобный Серафим благословил Иоанну идти в Брянскую Белобережскую пустынь, куда, согласно воле старца, он поступил послушником в 1836 году. Через семь лет, в 1843 году, Иоанн Мирошниченко принял монашество с именем Ионы и в 1845 году был рукоположен в сан иеродиакона.
Проводя жизнь в обители в суровых подвигах поста и воздержания, в постоянной молитве и богомыслии, Иона развил в себе высокую степень самоуглубления и самовникания, тщательно следил за своею внутреннею жизнью и духовным развитием. Тут же он удостоился особого видения, повлиявшего на его дальнейшую жизнь, которое он понял как веление Промысла взять на себя дело устройства на берегах Днепра нового монастыря. Он решил уйти в Киев.
В 1851 году отца Иону встретил Киевский митрополит Филарет, по его воле и желанию в августе того же года иеродиакон Иона был переведен в Киевский Никольский монастырь. Затем в 1858 году он был рукоположен в сан иеромонаха, и через два года, в 1860 году, переведен в число братий Киево-Выдубецкого монастыря, расположенного на одной из весьма живописных окраин Киева, на так называемом Зверинце. Уже в это время иеромонах Иона выделялся своей духовной опытностью и благочестивой жизнью, и многие киевляне искали случая получить совет и наставление у отца Ионы, быть его духовными чадами.
Среди многочисленных духовных дщерей о. Ионы была и супруга тогдашнего киевского генерал-губернатора княгиня Васильчикова, весьма уважаемая отцом Ионой, много содействовавшая и помогавшая ему, особенно в построении Троицкой обители. В 1867 году построена была деревянная церковь во имя Святой Троицы, которая в 1871 году заменена обширным и великолепным каменным храмом. Княгиня Васильчикова пожертвовала от себя монастырю дачу в 55 десятин земли близ Киева. С этого же времени новый монастырь постепенно становится крупным собственником земли: частью — путем пожертвований, частью — путем покупки, где монахами ведется образцовое сельское хозяйство. В августе 1872 года о. Иона возведен в сан игумена. Указом Священного Синода от 17 января 1886 года о. Иона назначен настоятелем Киево-Межигорского Спасо-Преображенского монастыря с возведением в сан архимандрита. Резолюцией Киевского митрополита Иоаникия от 9 декабря 1899 года отец Иона по старости и болезни был уволен от управления Свято-Троицким монастырем и оставлен лишь настоятелем его.
Несмотря на свой преклонный — свыше 100 лет — возраст, о. Иона почти до последних дней своей земной жизни сохранил бодрость духа и проявлял присущую ему энергию, всецело направленную на дело благоустройства Свято-Троицкой обители. Последние два года свой жизни он страдал неизлечимой и тяжкой болезнью, от которой и слег в постель после 1901 года.
Несмотря на полный упадок физических сил, он почти до самой смерти принимал народ и оставил всем его знавшим высокий урок духовного бодрствования, самоотверженного труда во славу Божию. Глубокий старец, великий деятель архимандрит Иона, в схиме Петр, мирно почил о Господе 9 (22 по новому стилю) января 1902 года.
Жизнь и дела старца Ионы, прожившего свыше ста лет, высоко поучительны и наглядно свидетельствуют, как много может достичь при энергии, самоотверженной деятельности и любви к делу человек. Послушайте, дети, наказания отча, и внемлите разумети помышление. Дар бо благий дарую вам: моего закона не оставляйте (Притч. 4, 1-2). Так звучит завет старца. Со всей России к о. Ионе ехали люди, чтобы услышать его совет и получить благословение. Основанная им Свято-Троицкая обитель навсегда стала пристанью спасения, где царит дух смирения и послушания, дух искреннего братолюбия и всецелой преданности воле Божией.
